一、有機肥所含養(yǎng)分較全面，但并不平衡，不能完全滿足各種作物對養(yǎng)分的不同需求。有機肥料所含養(yǎng)分種類較多，與養(yǎng)分單一的化肥相比是優(yōu)點，但是它的養(yǎng)分含量低，也存在供應(yīng)不平衡問題，不能滿足作物高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、增收的需要。在施用有機肥時應(yīng)根據(jù)作物對養(yǎng)分的要求配施化肥，做到平衡施肥，即使生產(chǎn)綠色食品的農(nóng)田也要配施礦物肥料，并在作物生長期間根據(jù)實際情況噴施各種葉面肥，確保作物正常生長發(fā)育。
二、有機肥肥效遲緩。有機肥不僅總養(yǎng)分含量較低，而且肥效遲緩，在有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足農(nóng)作物對營養(yǎng)元素的需要。因此，要利用化肥養(yǎng)分含量高，肥效迅速的優(yōu)點，將有機肥與化肥配合施用，緩急相濟，取長補短，發(fā)揮混合優(yōu)勢，滿足農(nóng)作物生長發(fā)育過程中對各種營養(yǎng)元素在數(shù)量和時間上的需求。
三、有機肥需經(jīng)過發(fā)酵處理。許多有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥料中含有不利于作物生長的有機化合物，所以均應(yīng)經(jīng)過堆漚發(fā)酵、加工處理后才能施用，生糞不能下地。
四、有機肥原料之間存在著組成、性質(zhì)上的差異，從而施入土壤后，對土壤、作物的作用也存在差異。因此，應(yīng)根據(jù)種植土壤的質(zhì)地、氣候以及種植作物的生長習(xí)性、需肥特性，選擇合適的有機肥料進行合理施肥。例如：人糞尿中含有大量的氯離子，對忌氯作物應(yīng)避免施用。
五、施用有機肥并不是越多越好。有機肥體積大，含養(yǎng)分低，需大量施用才能滿足作物的生長需求，但并不是越多越好。因為有機肥料與化學(xué)肥料一樣，在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中也存在計量施用的問題。如果有機肥的用量太多，不僅是一種浪費，而且也可造成土壤障礙，影響作物生長發(fā)育。比如在保護地栽培中，若長期大量施用有機肥，也可導(dǎo)致土壤營養(yǎng)元素過剩，土壤鹽漬化，從而引起農(nóng)產(chǎn)品生長不良，硝酸鹽含量超標(biāo)，品質(zhì)下降等問題。因此，生產(chǎn)中有機肥的施用量應(yīng)根據(jù)土壤中各種養(yǎng)分及有機質(zhì)的消耗情況合理使用，做到配方施肥、科學(xué)施肥。
六、有機肥施用方法要得當(dāng)。有機肥應(yīng)采用開溝條施或挖坑穴施，進行集中施肥，施后及時覆土;若采用撒施，施后應(yīng)翻入土壤。一般將有機肥與化肥混合施用，效果更佳。如過磷酸鈣與有機肥拌施，能大大提高肥效。
七、腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混合，會造成氨的揮發(fā)，降低有機肥肥效。
